Оператором базы станет Федеральная налоговая служба (ФНС). Кроме ее сотрудников, ответственных за регистр, никто не сможет получить полный доступ ко всем личным данным россиян. Однако сведения из регистра могут предоставляться по запросу госорганам, МФЦ, избирательным комиссиям, нотариусу, а также самому гражданину, если он запрашивает сведения о себе или лицах, находящихся на его попечении. Хинштейн уточнял, что спецслужбы России смогут запрашивать информацию из базы.
Руководитель международной правозащитной группы «Агора» Павел Чиков отмечал, что любой сбор данных создает определенные риски злоупотребления, а руководитель департамента системных решений компании в сфере кибербезопасности Group-IB Антон Фишман указывал, что важна защита самого механизма обращения к информации базы.
Ранее на электронном ресурсе Change.org появилась петиция, которая назвала создание единой базы данных «угрозой национальной безопасности». Авторы заявили, что добавление персональных данных россиян в реестр без их согласия нарушает Конституцию и влечет риски «криминального характера». В петиции сказано, что к личной информации граждан смогут получить доступ «враги России» и различные злоумышленники.
Несколько известных артистов, в том числе Светлана Крючкова, Александр Розенбаум, Александр Михайлов и Сергей Никоненко, записали видеообращение против создания единого федерального регистра. Крючкова, в частности, сравнила создание регистра с введением нумерации заключенных в концлагерях. «Мы не цифры», — сказала Крючкова, отметив, что жертвами закона в первую очередь станут дети, которых с детства начнут приучать к «тотальному контролю». С концлагерем сравнил регистр и Розенбаум, по словам которого, присвоение номеров обезличивает людей, низводя тех «до скотского положения», что вряд ли устроит граждан. Михайлов призвал президента России Владимира Путина не подписывать закон о едином федеральном регистре в связи с угрозами, которые тот создает.
2 июня вопрос о создании единого федерального регистра стал поводом для конфликта соведущих программы «Полный контакт» Владимира Соловьева и Анны Шафран. Последняя критиковала идею регистра, что закончилось ее уходом из программы. Позднее Шафран в интервью RTVi заявила, что закон о регистре, в том числе в связи с возможностью утечки данных, представляет «серьезные риски и угрозы» для внутренней жизни России, связанной с безопасностью граждан, неприкосновенностью частной жизни, с угрозами мошенничества и так далее.